La extirpación de las glándulas axilares sudoríparas  - Pacientes con hiperhidrosis axilar, que fracasan con tratamientos locales alternativos, pueden lograr mejores resultados por medio de la eliminación quirúrgica de las glándulas axilares sudoríparas . A veces, varias incisiones son necesarias si se tiene mucha vellosidad. En ciertos casos las heridas  forman cicatrices gruesas y/o hipertróficas.

Simpatectomía - Los objetivos de simpatectomía son interrumpir los nervios responsables de inervar a las glándulas sudoríparas, que son las responsables de la transpiración. El sudor primario podría ser eliminado del cuerpo entero, sin embargo este procedimiento no es posible en la práctica. Esta técnica sólo es utilizada para la región facial, pies o hiperhidrosis palmar. Para el tratamiento del sudor de los pies, es necesario un procedimiento algo más complejo (cirugía a miembro abierto), mientras que para manos y cara es posible una cirugía endoscópica.
 
Actualmente, la terapia de elección para la hiperhidrosis de manos o cara es un procedimiento llamado simpatectomía endoscópica intratorácica. Implica una mínima intervención invasiva, que fue desarrollada, refinada y simplificada en los últimos años en unos pocos hospitales de Europa. La simpatectomía convencional (técnica quirúrgica con una larga incisión) fue reemplazada definitivamente. Esta técnica endoscópica implica un mínimo riesgo y lleva a la curación definitiva en la mayoría de los casos.
  • Los pacientes que sufren simultáneamente sudor en los pies y en las manos tienen una buena oportunidad de que la operación en las manos conlleve una mejora drástica en el sudor de los pies.
  • El sudor exclusivo de los pies sólo puede ser tratado por una simpatectomía lumbar, una cirugía abierta en la cavidad abdominal. Interferencias endoscópicas fueron emprendidas de manera de ensayo. Sin embargo, dificultades técnicas considerables son halladas, y es requerido un largo tiempo de operación sin tolerar las ventajas substanciales para el paciente.
  • Hiperhidrosis en el torso o en el cuerpo entero no puede ser tratado con una intervención quirúrgica.
  • Para las axilas, es recomendable el tratamiento con toxina botulínica.